Модель СНС первоначально возникла как набор таблиц для расчета национального дохода. С появлением международных организаций, развитием мировой торговли и интеграции возникла потребность в сопоставлениях национальных статистических показателей разных стран.
В 1928 г. Лига Наций провела международную конференцию по экономической статистике, на которой обсуждались возможности международных сопоставлений макроэкономических показателей (прежде всего национального дохода), чтобы получить возможность лучше влиять на экономику. В 1939 г. Лига Наций опубликовала Мировой экономический обзор, в который были включены расчеты по 26 странам. Война прервала эти работы. Но уже в 1947 г. был опубликован Меморандум Комитета экспертов по статистике Лиги Наций, содержащий приложение «Определение и измерение национального дохода и связанных с ним показателей», написанное Р. Стоуном. В нем впервые были изложены принципы организации СНС.
В 1953 г. была опубликована Система национальных счетов ООН. За ней последовали версия СНС-1968, несколько региональных версий. В 1993 г. была принята современная версия СНС. Все эти версии между собой сопоставимы и совместимы, поскольку построены они на единых принципах.
Современная СНС представляет собой модель, отражающую потоки продуктов и фондов от производства до конечного потребления, переливы стоимости из одного сектора экономики в другой. За счет этого СНС показывает не только выходные макроэкономические параметры экономики страны в целом.