В целях смягчения наиболее тяжелых ударов Центральный банк с сентября 1998 г. начал принимать меры по первичному восстановлению банковской системы, направленные в главном на решение трех основных задач: быстрое восстановление платежной системы, предотвращение банкротства банковской системы в целом, восстановление макроэкономических основ стабилизации. Была проведена работа по подготовке и осуществлению межбанковского многостороннего клиринга, приняты меры по повышению ликвидности банковской системы, в том числе путем снижения и дифференциации нормативов обязательных резервов; ряду банков предоставлены кредиты. Это позволило восстановить нормальное функционирование платежной системы, а также выявить банки нетто-кредиторы и нетто-дебиторы. Негативную роль в обострении банковского кризиса сыграло отсутствие системы гарантий по вкладам населения. Банк России фактически взял на себя затраты по переводу обязательств ряда коммерческих банков перед населением в Сбербанк России.
Для ослабления спекулятивного давления на курс рубля и предотвращения незаконного вывоза капитала в этот период был усилен контроль за законностью совершаемых банками и их клиентами валютных операций и усилены требования к уполномоченным коммерческим банкам по соблюдению их клиентами правил совершения валютных операций.
Выполняя роль кредитора последней инстанции и в целях предотвращения банкротства банковской системы в целом, а также последствий системного кризиса, Банк России в августе 1998 г. и в последующий период предоставлял банкам кредиты, в том числе ломбардные, кредит-овертнайт, а также специальные виды кредита для финансового оздоровления системообразующих банков. По мере нормализации банковской системы предоставление таких кредитов прекратилось, и сейчас кредитование банков осуществляется на рыночных принципах.
Банку России и другим органам пришлось одновременно решать несколько взаимосвязанных, но в то же время совершенно противоположных задач. С одной стороны, необходимо было удержать под контролем инфляцию, не допустить дальнейшее обесценение рубля, предотвратить гиперинфляцию. При этом одновременно должна была быть урегулирована процедура новации по государственным ценным бумагам как для отечественных, так и для иностранных инвесторов, обеспечены выплаты по внешнему долгу. С другой стороны, требовалось быстро и эффективно начать и провести перестройку финансового сектора, прежде всего в банковской системе, чтобы предотвратить дальнейшие потери всего общества.