Важным условием глубины и обоснованности научных выводов и обобщений в любой науке является ее методология. Военно-экономическая наука характеризуется солидной методологической базой. В своих исследованиях она широко использует достижения практически всех общественных наук. Диалектический и исторический материализм, политология, социология, экономическая теория — это неполный методологический арсенал военно-экономической науки.
Методологическим фундаментом военно-экономической науки выступает экономическая теория, которая исследует экономические процессы и явления, протекающие в общественном производстве в условиях ограниченных ресурсов и постоянно возрастающих потребностей. Это положение является исходным пунктом в анализе и оценке материального обеспечения подготовки и ведения войны. Обоснование надежных и эффективных путей удовлетворения военных потребностей, рациональное использование экономических возможностей — одно из главных направлений военно-экономических исследований.
Процесс экономического обеспечения подготовки и ведения войны характеризуется целой системой количественных и качественных показателей, обоснование которых невозможно без использования математических методов. Математическое моделирование и программирование военно-экономических процессов, широкое использование современной электронно-вычислительной техники — обязательное условие научно-теоретической обоснованности и практической значимости обобщений и выводов военно-экономической науки на современном этапе ее развития.